Schon seit den Anfängen der Bundesrepublik gestaltet das BMWK die deutsche Europapolitik und damit auch die Europäische Integration mit.
Schon seit den Anfängen der Bundesrepublik Deutschland hat das BMWK eine wichtige Rolle in der Europapolitik. So zeigte sich bereits bei den Vertragsverhandlungen zu den 1957 unterzeichneten Römischen Verträgen, dass eine koordinierte deutsche Europapolitik erforderlich ist. Heinrich von Brentano, Außenminister von 1955 bis 1961, sah in der Europapolitik einen zentralen Aspekt der deutschen Außenpolitik. Ludwig Erhard, Wirtschaftsminister von 1949 bis 1963, beanspruchte hingegen eine Führungsrolle des Wirtschaftsministeriums. Für ihn stand die wirtschaftliche Integration im Vordergrund, die auf der Europäischen Gemeinschaft für Kohle und Stahl (EGKS) aufbaute und im Einklang mit den Grundprinzipien der deutschen Wirtschaftspolitik ablaufen sollte. Dies spiegelte sich auch in der Struktur des Hauses wider: Bereits 1951 wurde eine Unterabteilung für die Europäische Gemeinschaft für Kohle und Stahl gegründet und 1958 die Europaabteilung.
Konrad Adenauer, Bundeskanzler von 1949 bis 1963, übertrug nach der Bundestagswahl 1957 dem Bundeswirtschaftsministerium die gesamten Zuständigkeiten für die europäische Wirtschaftspolitik. Im Jahr 1958 unterzeichneten das Auswärtige Amt und das BMWK eine gemeinsame Vereinbarung zur Aufgabenverteilung. Danach war das Auswärtige Amt für die Weiterentwicklung der Verträge und außenpolitische Angelegenheiten im Ministerrat zuständig, das BMWK für wirtschaftspolitische Fragen. Die damals festgelegte Arbeitsteilung der beiden Ministerien prägt bis heute die Struktur der deutschen Europapolitik.